Разорённая и осквернённая святыня В 1923 году собор Рождества Пресвятой Богородицы был отдан Моссоветом под клуб милиции. Спустя некоторое время на территории обители разместили исправительный трудовой дом. 
В 30-е годы прошлого столетия были уничтожены монастырское кладбище, которое было варварски перекопано, и сад. На их месте насыпали рукотворный холм, так что основания храмов и колокольни оказались погребенными под несколькими слоями грунта и песка. От высокой лестницы, ведущей в собор, остались лишь две ступени. На этой насыпи было поставлено здание школы, которое оказалось как бы вознесенным над куполами храмов. Такими «наглядными средствами» богоборцы пытались доказать (Богу? Людям? Или самим себе?), что наука «выше» религии. Погребенные под землей основания и стены храмов и домов начали покрываться плесенью, гнить и разрушаться, пострадала кирпичная кладка древних стен. Мрачное здание школы исказило облик обители.
При строительстве и проведении других работ на территории монастыря была нарушена древняя система «глиняных замков», предохранявших здания от воздействия подземных вод (ведь протекавшая некогда близ обители река Неглинная была «уведена» под землю, и наши предки предусмотрительно создали целую систему защиты зданий от воздействия влаги). В результате нарушения этой системы в зданиях установилась повышенная влажность, стены покрылись грибком. Внутри храмов было построено множество перегородок. Бесхозяйственность и преднамеренное осквернение святыни повлекли за собой многие разрушения, но за весь советский период монастырские строения ни разу не ремонтировались. Богоборцы не смогли успешно «хозяйствовать» даже на сравнительно небольшом участке земли – таком, как Рождественская обитель. Так чего же было ожидать от их «хозяйствования» в некогда богатой и сильной стране? 
Хотя древний собор Рождества Пресвятой Богородицы был признан «памятником архитектуры» и на нем даже появилась табличка «Охраняется государством», но он тоже ветшал и разрушался, как и другие монастырские храмы и постройки. Состояние древней обители давно беспокоило тех, кто знал и любил историю отечества. Под влиянием общественного мнения в 60-х годах решением Мосгорисполкома были выделены средства на частичную реставрацию собора и приведение в относительный (внешний) порядок монастырских зданий. Но реставрационные работы собора и других построек велись лишь кое-где снаружи, а внутри все оставалось по-прежнему: так же зияли дыры и прорехи в стенах зданий, протекала кровля, продолжала разрушаться кирпичная кладка. 
«Благом» для собора можно было бы назвать то, что в нем после «реставрации» вместо жилых квартир разместили архив одного из научно-исследовательских институтов, но из Духовского придела не было перенесено «отхожее место», не были убраны перегородки. В семидесятых годах прошлого века большая часть построек была передана в аренду Московскому архитектурному институту. В остальных домах на монастырской территории размещались жилые квартиры и государственные учреждения. 
Около 1978 года название древней обители появилось в прессе в связи с тем, что на таможне задержали переправляемые за границу контрабандой ценнейшие иконы, ранее ей принадлежавшие. Оказалось, что иконы бережно хранились инокинями в своих келлиях, но монахини постепенно старились и умирали. Последними хранительницами икон были престарелые монахини Варвара, казначея монастыря, и Викторина. Сосед убил мать Варвару, а слепую девяностолетнюю мать Викторину забрали к себе добрые люди. Вскоре преступники забрали иконы из опустевшей комнаты. После задержания награбленного на таможне дело об убийстве матери Варвары было поднято снова и получило огласку в советской прессе. Место пребывания святынь монастыря и поныне неизвестно. В конце 80-х – начале 90-х годов некоторые помещения заняли различные фирмы и арендаторы. 
