В 1989 году древний храм Рождества Пресвятой Богородицы был возвращен Русской Православной Церкви. В день праздника Рождества Пресвятой Богородицы, 8/21 сентября 1991 года, возрождающийся храм посетил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II.
Вскоре после этого в Москву из Успенского Пюхтицкого монастыря, не закрывавшегося в советское время и сохранившего монашеские традиции дореволюционной России, приехали несколько сестер. Им предстояло в скором будущем стать первыми насельницами первой женской обители, открывшейся в столице после семи десятилетий господства в стране богоборцев. 19 июля 1993 года, в день празднования Собора Радонежских святых, было принято постановление Святейшего Патриарха и Священного Синода Русской Православной Церкви о возрождении монашеской жизни в древней московской обители. Поначалу приехавшие из Пюхтиц монахини поселились в тесной комнате по соседству с шумным кафе, у монастырских врат. Для постороннего наблюдателя положение первых сестер обители могло показаться отчаянным. Оно и было таким на самом деле, и только Господь невидимо укреплял и утешал монахинь. По Его милости в скором времени вокруг них стали собираться ищущие спасения будущие насельницы обители. 
В самом начале новой истории обители сестрам приходилось преодолевать множество самых разных препятствий. Трудности возникали в отношениях с жильцами и незаконными арендаторами. Многие из тех, кто занимал монастырские помещения, не могли – а некоторые, возможно, и не хотели – понять не только того, что они находятся в стенах святой обители, но даже и того, что архитектурный ансамбль монастыря является выдающимся памятником русской истории. Восстановление в течение нескольких десятилетий разрушавшихся храмов и монастырских построек потребовало много сил, времени и больших затрат. Возрождение молитвенно-богослужебной и духовной жизни обители требовало ещё больших усилий. Возродить монашеское делание в стенах обители сложнее, чем преодолеть хозяйственные трудности, но последнее не имеет смысла без первого. Светильник, не излучающий света, будет лишь внешне похож на светильник. Обитель, в которой насельницы живут без духовного делания – молитвенной жизни, трезвения – сердцевины этого делания и созидающего аскетического труда, – так и останется архитектурным ансамблем, но не будет истинно монашеской обителью.
Переступающие порог обители в наши дни зачастую не имеют правильных понятий о православном христианстве, об азах духовной жизни. Часто пришедшие в обитель не имеют и правильной цели – спасения души и начинают стремиться к славе, власти, успехам во внешней деятельности, как это принято делать в миру. Но со временем приходит понимание того, что главное для христианина вообще и монаха в особенности – это совершенствование в послушании, смирении, кротости, добром отношении к ближним и бережном – ко всему окружающему. Из этого рождается истинная любовь – венец совершенства. Правильные понятия приобретаются по прошествии времени и с немалым трудом. Больших трудов требовало и сейчас требует реставрация архитектурного ансамбля. 
Нужно было остановить процесс разрушения каменной кладки засыпанных землей стен и оснований храмов и строений обители; заново погребать в усыпальнице разбросанные по всей территории останки тех, кто некогда покоился на монастырском кладбище, разоренном и оскверненном богоборцами; вывозить сотни тонн мусора из Казанского храма и других строений; очищать территорию от всего чужеродного и привнесенного в монастырскую ограду по злобе или неведению.
Надеясь на помощь Божию и заступничество Пресвятой Богородицы, назначенная Первосвятителем настоятельницей обители в 1993 году и возведенная им в сан игумении в 1998 году, игумения Викторина (Перминова) и насельницы монастыря взялись за многотрудное дело восстановления обители. Свои послушания монахини и послушницы несут в храме, на клиросе, в просфорне, пошивочной, трапезной, свечной и на монастырском подворье.
Здесь следует сказать несколько слов об устройстве женского монастыря вообще. Как правило, женский монастырь возглавляется игуменией или настоятельницей (монахиней, не возведенной еще в сан игумении) – начальствующим лицом, управляющим всей жизнью обители как в хозяйственном, так и в духовном отношении. Такой образ монастырской жизни был принят от древних византийских обителей. Под началом игумении состоят сестры: послушницы, инокини, монахини. Послушницы находятся на подготовительной ступени к монашеству, они входят в состав сестер монастыря, но живут в нем без пострига, проверяя свои силы и истинность своего стремления к монашеству. Рясофорные послушницы (носящие рясу без пострига) и инокини (постриженные в иночество), не дававшие монашеских обетов, вступили уже на первую ступень монашества, и поэтому дорога назад, к мирской жизни, для них закрыта. Монахини, постриженные в мантию (то есть помимо рясы носящие еще и мантию – длинную верхнюю одежду без рукавов с сорока складками на спине), дали монашеские обеты (обещания) целомудрия, нестяжания, и послушания. Все сестры, живущие в обители, называются насельницами (то есть населяющими обитель). Среди монастырских насельниц могут быть и схимницы – монахини, принявшие особое пострижение и несущие особый духовный подвиг: этой высокой степени достигают немногие. Все без исключения насельницы монастыря находятся в послушании у игумении. Послушанием в монастыре называются две вещи: 1) повиновение игумении и духовным наставникам как в монастырских делах, так и в духовной жизни, и старшим сёстрам – в делах; 2) работа, порученная насельнице. В монастыре все делается с благословения, то есть с поручения, разрешения игумении, которая, в свою очередь подчиняется Священноначалию – Святейшему Патриарху или епархиальному архиерею.
Богородице-Рождественский женский монастырь является ставропигиальным, то есть находящимся в непосредственном ведении Святейшего Патриарха.
